Městečko Bavorov bylo založeno již koncem 13. století, a k roku 1366 se zde prvně připomíná plebánie. Kostel vystavěn v letech 1370–1389 rožmberskou stavební hutí. Stavbu inicioval Jan I. z Rožmberka se svou manželkou. Roku 1604 byla ke kostelu přistavěna druhá věž. Původně dvojlodní kostel v roce 1649 vyhořel, a Eggenbergové jej nechali opravit. Tehdy bylo zřízeno trojlodí. V letech 1905–1908 byl pak kostel upraven podle plánů Josefa Mockera do podoby existující do…